在历史长河中，伊戈产生了意识，衍化成一颗活着的星球，并在宇宙中四处寻找生命的真谛；阿斯加德的奥丁率女儿海拉征战九界，击败了寒霜巨人和黑暗精灵等强敌，成为当之无愧的神王，随后开始休养生息，并放逐了依旧不安分的海拉，抚养起亲生儿子索尔与领养的寒霜巨人后裔洛基；地球上，至尊法师古一守护世界不受黑暗维度的侵袭，却也不得不借助魔王多玛姆的力量；振金陨石在古地球坠落的地点发展出了强大的非洲国家瓦坎达，但他们决定将自己隐藏起来，伪装成一个穷国……

在宇宙中，洛基遭遇了灭霸的舰队，在心灵权杖的影响下（这个设定是后来漫威影业方面确认的，电影中并没有明说）成为灭霸的手下，带着封印着心灵宝石的心灵权杖回归地球，设法打开传送门，引奇瑞塔人入侵。洛基利用心灵权杖控制了鹰眼为他服务，计划一开始非常成功，将弗瑞召集的复仇者联盟耍得团团转，然而挫折也激励了英雄们，最终由美国队长、钢铁侠、雷神、绿巨人、黑寡妇和鹰眼六人组成的复仇者联盟在纽约击溃了洛基和奇瑞塔人，正式宣告英雄时代的到来。（《复仇者联盟》）

至于雷神索尔，在押送洛基回到阿斯加德后（同时也带回了空间宝石宇宙魔方），他开始巡游九界的平叛之旅，结束战斗的索尔回归地球寻找恋人简·福斯特，却发现简意外吸收了黑暗精灵的“以太粒子”，也就是无限宝石中的现实宝石。索尔将简带回仙宫治疗，不想引来了黑暗精灵的袭击，神后阵亡，索尔决定先发制人，和洛基、简一起寻找黑暗精灵，通过一番波折，索尔击败了敌人，并将现实宝石交与宇宙奇人收藏家保管。虽然索尔以为洛基阵亡了，但实际上洛基不仅没死，还乔装成奥丁控制了仙宫。（《雷神2》）

MCU的第二阶段颇为短暂，剧情也以过渡和延伸为主。除去三位核心英雄的故事，《银河护卫队》则令人眼前一亮。这部电影讲述的是少年时被掳走的彼得·奎尔长大后成为宇宙盗贼星爵，在一次任务中他私吞了一件物品，却不知道那是无限宝石中的力量宝石。灭霸和其党羽罗南都盯上了这件神器，星爵和他们派来的刺客卡魔拉纠缠时又遇到赏金猎人火箭浣熊和树人格鲁特，混乱中几人被山达尔新星军团抓获关入监狱，结识了毁灭者德拉克斯，一行人就此组成了银河护卫队。银河护卫队的成员们经历了连番冒险，最后达成共识要阻止罗南利用力量宝石毁灭山达尔，星爵一场尬舞拯救世界。（《银河护卫队》）

《银河护卫队》在这时还属于支线故事，MCU的核心剧情依旧发生在地球。复仇者联盟在地球重聚扫荡九头蛇残部，在索科维亚的行动虽然被红女巫和快银姐弟稍稍干扰，但并不妨碍众人取回心灵权杖。随后斯塔克和班纳对权杖的研究创造出邪恶的AI奥创，英雄们又开始了阻止奥创灭世计划的征途。最终快银牺牲，猎鹰、战争机器、红女巫和另一位被奥创创造的AI幻视加盟了复仇者联盟。（《复仇者联盟2》）

MCU第二阶段并非以《复仇者联盟2》收尾，在这个阶段的最后，漫威影业还讲述了蚁人的故事：有着高智商的小偷斯科特·朗出狱后本打算从良，却被种种原因趋势着再次行窃。可是这次他偷到的竟是一件能让人缩小的超级战衣，原来这是老蚁人汉克·皮姆为组织自己技术外泄造成世界动荡而准备的计划。最终在皮姆和其女儿霍普的帮助下，斯科特战胜了敌人，成为一位真正的英雄。（《蚁人》）

第三阶段的故事开始于复仇者联盟扫荡九头蛇余党，不幸在尼日利亚造成了平民伤亡，为此政府力量准备推动限制超级英雄的法案。钢铁侠等人对此持赞成态度，美国队长为首的一些英雄则强烈反对，恰逢其时，在索科维亚战斗中失去家人的泽莫策划了向复仇者联盟复仇的阴谋，冒充冬兵炸死瓦坎达老国王，这使得美国队长和冬兵面临连番挑战，不仅来自泽莫，也来自复仇的瓦坎达新王黑豹，以及复仇者联盟的内战。最终泽莫还指出当初正是冬兵刺杀了钢铁侠的父母，引发钢铁侠和美国队长的激战，队长打倒钢铁侠，选择离开，复仇者联盟遭遇重创。（《美国队长3》）

首先是奇异博士，斯特兰奇曾是极优秀的外科医生，但车祸令他双手颤抖再不能拿手术刀，遍寻治愈之法的斯特兰奇来到尼泊尔，从古一法师那里接触到了魔法的奥秘，也遭遇了黑暗维度恐怖的魔王多玛姆和其手下。在古一法师阵亡后，奇异博士接过她衣钵，成为新任至尊法师，守护时间宝石，也守护着地球。（《奇异博士》）

另一位新英雄则是内战中作为钢铁侠援军出场的蜘蛛侠。彼得·帕克的起源故事大家早已耳熟能详，刚开始行侠仗义的帕克就被钢铁侠发掘参加了内战，归来后他继续对抗纽约街头的犯罪。反派秃鹫从奇瑞塔人的科技中得到启发，研究出强大的武器，蜘蛛侠和他几番激战，最终成功制服秃鹫，也得到钢铁侠的认可，走上了正确的英雄之路。（《蜘蛛侠：英雄归来》）

另一位老朋友索尔，作为复仇者联盟的老牌成员，他并没有参加内战，在了结奥创危机后，索尔回到仙宫继续巡游冒险的旅程，直到他发觉阿斯加德的奥丁是洛基假扮的。索尔和洛基来到地球寻找奥丁，却只见到了奥丁的逝世，告别父亲后，曾被放逐的姐姐海拉归来，展示了绝对压倒性的强大，意图掌控阿斯加德。战斗中索尔和洛基流落萨卡星，索尔被瓦尔基里捕获，成了高天尊的角斗士，并遭遇同样缺席内战的绿巨人。一番不打不相识的折腾后，索尔在绿巨人、瓦尔基里、洛基和其他角斗士帮助下重返阿斯加德挑战海拉，拯救民众。即便索尔觉醒了力量，他依旧抵挡不住海拉，只好放出巨人苏尔特尔毁灭阿斯加德，让预言中的诸神黄昏到来。最终海拉毁灭于诸神黄昏，索尔和洛基则带着阿斯加德民众登船逃离。（《雷神3》）