但高太后垂帘听政后，手中已拥有了无上的权力。于是，高太后立即召回之前因不支持新法而被下放贬谪的旧臣回京师并重用，如文彦博、司马光、范纯仁等人，这些老臣也是祖宗旧制的拥护者，且任命司马光为相，全面废除神宗和王安石所推行的新法，恢复旧制。同一时期，也召回被贬在外的苏轼，将其擢升为翰林学士，参政议事，但苏轼看不惯旧党完全废止变法，两边不讨好，于1089年申请外调。另一位因反对变法而被贬的吕公著也被重新启用，被任命为尚书左丞。
高太后垂帘后，“以复祖宗法度为先务，尽行仁宗之政”，她治下的9年史称“元祐之治”，被认为是宋朝最太平安乐的时代。当时，支持变法的政治派别被称之为“元丰党人”，反对变法一派，则被称之为“元祐党人”。元祐之治，是宋朝治世文明的顶峰，但也加深了新旧两党的裂痕，带来了无休止的党争。
司马光因反对新法而隐居洛阳15年，入朝拜相被重新启用后，在高太后的大力支持下，雷厉风行地推行八字执政方针“广纳谏言，废除新法”，认为“王安石不达政体，专用私见，变乱旧章，误先帝任使”，全盘否定新法，认为新法是“舍是取非，兴害除利”、“名为爱民，其实病民，名为益国，其实伤国”，于是，新法几尽废除，旧法被逐步恢复。并持续打击新党成员，在朝的变法派被陆续贬谪出朝。
元祐元年（1086年），时任宰相蔡确，原是王安石变法和神宗的坚定追随者，被贬为陈州知州；次年，蔡确再贬安州（今湖北安陆），蔡确在游车盖亭时写下了《夏日游车盖亭》十首绝句，但其诗被与蔡确有过节的时任汉阳知军的吴处厚所得。指认蔡确诗句“矫矫名臣郝甑山，忠言直节上元间”用唐上元年间郝处俊谏高宗传位于武后事影射高太后，旧党梁焘、朱光庭和刘安世等人也添油加醋，高太后相当不悦。后蔡确被流放岭南新州（今广东新兴），也称为“车盖亭诗案”。
同时旧党将司马光、范纯仁和韩维誉为“三贤”，而将变法派的中坚人物蔡确、章惇和韩缜斥为“三奸”。他们将王安石和蔡确新党名单张榜公布，以示警告，并对被司马光斥逐的新党人员章惇、韩缜、李清臣和张商英等人加以重贬。司马光的同僚及追随者们利用高太后对蔡确等人的不满，捕风捉影，对整个新党集团进行猛攻清算，来巩固自己的势力。不久，朝中要职完全被旧党把持，而新党则遭到了毁灭性打击，史称“元祐更化”。
在新党看来，司马光等旧党上台后，对新党无所不用其极，手段卑劣。当时新党加害苏轼的“乌台诗案”只打击苏轼一人，而旧党借“车盖亭诗案”却覆盖打击新党全员。随着新党人员的贬谪下台，新旧两党之间争斗越来越水火不容，朝政的政治生态也暗流涌动。
加上太皇太后垂帘期间，军机要事、大事小事都由祖母与大臣商议处理，年少的哲宗对朝政几乎没有发言权，朝堂之上哲宗的御座与太的后座位相对，大臣们秉奏要事时面朝太后，背对哲宗，完全忽视当朝天子，导致哲宗亲政后在谈及高太后垂帘听证时说，他只能看朝中官员的屁股和背部。
张惇这帮人非比寻常，善于为恶，张惇以他们都犯有破坏先王新政之罪进行控告，使哲宗相信所有元祐诸臣都是敌人，当年与皇太后密谋夺权，严酷打击元祐党人,前后历时6年。之前王安石放逐政敌相较于新党这次对儒臣的迫害简直就是小巫见大巫，司马光和吕公著在死后躺在坟墓之中依旧遭受两度降级，剥夺爵位子孙俸禄和荣衔，磨平碑文。甚至一个官员上奏书毁灭司马光的历史巨著《资治通鉴》，还好哲宗父亲为《资治通鉴》写过序才得以保存。
四朝为官，91岁的文彦博也降级罢黜，1月之后丧命。范祖禹、刘挚、梁焘在贬放之中丧命。苏轼则被贬至岭南惠州，苏辙被贬至汝州太守，苏门四学士也被流放；范仲淹之子范纯仁因为名相之子，为官清白，哲宗知道他的名望，未行加害，最后辞官归隐。
元符三年（1100），哲宗崩，宋徽宗赵佶继位，向太后垂帘听政。其间，再次起用元佑党人，废除变法新政。9个月后，向太后病故，宋徽宗正式执掌大权。崇宁元年（1102）宋徽宗任蔡京为相，再次推崇熙宁新政。崇宁三年（1104），蔡京上奏宋徽宗将元祐党人以及后来所定的邪类合计309人列为“元祐党人”黑名单，并在全国范围内刻碑树立。凡被刻上党人碑的官员，重者关押，轻者流贬，子孙永不得为官，皇家子女不得与名单上的元祐诸臣之后通婚。
元祐之治是宋朝最进步的一段历史时期，期间出现过哪些明星大咖呢？司马光一代圣贤，编写《资治通鉴》；苏轼、苏辙兄弟俩为“唐宋八大家”，文彦博北宋时期著名政治家、书法家；范纯仁是一代名相范仲淹之子；黄庭坚、秦观是文学家；欧阳棐是欧阳修的儿子；李格非是李清照的父亲；陆佃是陆游的祖父；程颐是思想家、理学家、教育家等等。元佑党几乎就是宋朝辉煌文化的标志，也是受人民和后世敬仰的一代圣贤。
王安石变法是积极进步的政治举措，是中国古代史上继商鞅变法之后又一次规模巨大的政治变革运动。王安石侧重谋求为朝廷增加财政税收，开辟财源，最初设想是不夺民一利而富国，但因为官僚阶层的强制压榨剥削，又变成了与民争利，变法看似强国但没强民。军队战斗力的提高，增强对外的防御力，但导致了老百姓的越来越贫困。方田均税法也严重损害了大官僚大地主的利益。朝中守旧派反对、忠良正直大臣质疑、进而又逐渐演变成党派权力斗争。