2023年8月4日，国家疾控局发布《洪涝灾区环境卫生处置与预防性消毒指引（2023版）》，从灾后生活饮用水卫生保障、村落和场所环境卫生处置、个人住宅的环境卫生处置、个人健康教育与防护等方面为灾后环境卫生清理与消毒工作做出具体指导。

洪涝灾害易造成疫病流行，主因是水和食物受到污染。北京佑安医院呼吸与感染性疾病科主任医师李侗曾向南方周末记者表示，此轮洪灾中，部分地区水位很高，厕所、牲畜棚圈被水淹没后，人和动物的粪便、动物的尸体都可能污染水源，或是进入家庭污染食物。

为避免洪涝灾后疫病流行，河北、吉林、黑龙江多地已开展疫情防控行动。

8月5日，黑龙江省疾控中心发布提醒，为做好洪涝灾害预防性消毒，防止传染病特别是肠道传染病的暴发，保障人民群众生产生活的正常进行，应根据传染病预防的需要，对洪涝灾区有针对性地及时开展清洁卫生与预防性消毒工作。

8月7日，吉林省舒兰市开原镇政府工作人员告诉南方周末记者，目前当地洪水已经下退，当地村民仍位于集中安置点，有关单位正在开展灾后防疫工作，包括清理灾区的垃圾和积水、对村内房屋进行全面消毒、对被淹死的畜禽尸体进行无害化处理等。