万历二十年（1592年），日本实际最高统治者太阁丰臣秀吉突然入侵朝鲜，是为万历朝鲜之役（朝鲜方面：壬辰倭乱，日本方面：文禄庆长之役）。朝鲜节节溃败，并向宗主国明朝求救。明朝随即派兵支援。这场战争曾于1593年议和并休战；但于1597年战事再度爆发。日军在明军加入战斗后，攻势受阻，被迫转入死守。1598年9月，丰臣秀吉意外病逝，加速了日军败亡的进程，而日本占领朝鲜并以之为跳板进攻明朝的企图最终失败。在此期间，明廷部分官员提出了一些奇策。此计在今人的眼光看来，也可谓大胆而宏伟，就是远征日本本土的“捣巢斩首”之计。
明朝在得知日本即将入侵明朝的消息后，立即着手准备事变。首先是紧邻朝鲜的辽东，如以原任副总兵李如柏为宣府东路参将，以原任山海关参将吴惟忠任蓟镇统兵游击。而原来经历过抗倭战争的东南沿海也进行了大规模的增兵。《全浙兵制考》在书中所记载的各基层军事单位中，万历十九年有增兵记载的多达五十余处，数量占基层军事单位总数的一半以上。当年大范围增兵的缘由，便是明朝做诸多军事上的准备。
除了这些平常的军事措施外，有官员大胆提出了“捣巢斩首”之计，即从海上出发，直接远征日本本土，擒拿或斩杀丰臣秀吉。日本的国家结构历来和明朝、朝鲜不同：日本类似中世纪的欧洲，由松散的封建领主大小名构成，实际统治者幕府很难完全控制他们；而明朝是统一的帝国，朝鲜是统一的王国。没有丰臣秀吉这样的强人，大小名还处于战国混战时期。丰臣秀吉表面上统一了日本，但各大名手握兵权，随时可能反叛。挑起外战，不仅能开疆拓土、扩充自己实力，还能消除内部纷争，削弱大名实力。后来丰臣秀吉的死也证明了这一点，他死后，各地大小名又为抢当幕府老大打成一团。
《明神宗实录》万历十九年十一月壬午（二十）条记载：“总督两广侍郎刘继文备陈防倭条议。其议：仍将倭奴入犯情节晓谕澚夷，令其擒斩关白入献，加赏赉，尤销患安邦之一策也。着如议行。”澚夷指的是当时的广东葡萄牙走私商，利用他们去打日本人。万历皇帝也认为这一借刀杀人计策是好计，对此是“着如议行”，同意照此执行。但后来没发生葡萄牙军队远征日本的战事，这是葡萄牙商人本性使然。商人具有趋利性，他们认为这性价比不高，弄不好要亏本。总之，这笔买卖不好做。
万历二十年，朝鲜之役爆发，明朝决定抗日援朝。时人亦有言从浙江等地出兵抗倭，沈德符《万历野获编》 载：“关白侵朝鲜事起，建折者，章满公车。石司马以集众思为名，多所采纳。其可哂者，如张念华（文熙）冏卿（太仆卿的雅称）议论集浙、直（南直隶）、福、粤濒海四省之兵，入海捣日本之巢，已为悠缪不经之甚，旋为言路所驳，谓其骚动江南，罢不行矣。”张文熙曾任浙江巡按御史，对浙江情况较为熟悉，在浙期间也深得民心。当时兵部尚书石星广集众思，寻求对策。朝论“虽策倭患纷纷”，却多“无能出奇制胜者”。惟张文熙之计称得上“奇策”。但是强大的言官保守势力弹劾说这会“骚动江南”，最后“罢不行”。明朝第一次朝中大臣提议打击日本本土的计划就这样被搁置了。
更为重要的一点是浙江距离日本最近，《元史》称“庆元（今宁波）与日本相接。”永乐元年（1403年），明廷规定，宁波是日本朝贡船登陆中国的唯一口岸。除了地理位置上的接近，还可利用有规律的季风，通航时间大大缩短。这就如清初《职方大一统图》所描绘的一样，“若海倭奉珍入贡，则风帆直指宁波，突至倏来，黠诈叵测，先事而备，其在定海（今镇海）乎。”嘉靖三十五年（1555年），因为镇海为诸蕃进贡第一站的缘故，将浙直总兵驻地设置在了镇海县城。在俞大猷、卢镗任浙直总兵之际，浙江倭寇基本平息，为平定东南倭患奠定了基础。嘉靖四十二年，浙直总兵改为浙江总兵，与南直隶总兵分设。万历十一年二月，因去岁杭州兵变民变，制定了浙江总兵在杭州、定海两地办公的制度，汛期和战时驻镇海，汛毕驻杭州，成为定制。既然丰臣秀吉的梦想是“乘日本船渡海，居守宁波府”，明军就从镇海打过去，以彼之道还施彼身。
由于实施重点在于浙江，浙江总兵实际上成为了远征军的第一统帅。那么，接下来的重中之重，是确定谁来担任浙江总兵这一要职。《明神宗实录》万历二十六年正月戊戌（十二)条记载：“调广西总兵童元镇于浙江，调浙江总兵李应诏于广西，各镇守。兵部言，关酋发难，佥谓捣巢，可以牵其内顾。童元镇熟识岛情，往年曾与捣巢之议；李应诏清介不扰，适与抚蛮。相宜，故互相更调。从御史唐一鹏之议也。”这方案就是浙江总兵李应诏、广西总兵童元镇对调，让童元镇担任远征军统帅。其理由是童元镇“熟识岛情，往年曾与捣巢之议”， 这指的是他曾参与《筹海重编》编撰。
《筹海重编》是《筹海图编》的继承本，也是应对日本入侵朝鲜的产物，书成于万历二十年八月。《筹海图编》是胡宗宪任浙直总督时，为防御倭寇，在谭纶、戚继光等人支持下，聘请郑若曾等幕僚收集海防有关资料编辑而成的一部沿海军事图籍，初刻于嘉靖四十一年。两广总督萧彦命其幕僚邓钟为增补《筹海图编》而作《筹海重编》，校正了原书差讹，还增加了明朝出使日本及日本入贡事略、日本风土人情等内容。童元镇就参与了《筹海重编》的编撰工作。
“浙桂易帅”之议决定二十多天后，浙江巡抚刘元霖接到了兵部的批文，“二十六年二月初七日，准兵部咨，称征倭之策，以捣巢为奇，若欲捣巢，浙省为便，将广西总兵童元镇、浙江总兵李应诏互相更调。题奉钦依，仍行童元镇星夜抵浙，与李应诏交代以便赴广。李应诏未即离任，须行料理该省海务等因到臣。”批文要求童元镇“星夜抵浙”。李应诏作为在前线的浙江总兵，不可轻动，在新的统帅未到之前，继续留在镇海处理海防军务。
对于朝廷的这一决定，浙江当地军民都不肯干了。浙江方面的态度也是符合逻辑的。李应诏自万历二十一年六月初九起担任浙江总兵，已历时近5年；所谓童元镇“熟识岛情”，但他从来没有来过浙江，恐怕连镇海的汛期都不了解。此外，临阵换帅也是兵家大忌。浙江军民都对此决议持否定意见。浙江按察使、海道副使及士兵、百姓代表均上书称赞李应诏的才德，要求刘元霖出面上奏朝廷收回成命，让李应诏去完成这一光荣而艰巨的使命。
史籍里关于李应诏的记载极少，但通过普陀山“禁止舍身燃指”碑，可以令今人了解他的才德。万历年间，普陀山曾流传“舍身能成佛，燃指表诚心”谣言，有人信以为真，到潮音洞边跳洞舍身，或在观音院前燃指，以为这样做就可早得真果，所以每年有不少人就这样惨死或燃指致残。李应诏在巡海期间发现了此事，为规劝人们的这种愚昧行为，和宁绍参将陈九思等人，特在普陀山立了一块大石碑，正中镌有“禁止舍身燃指”六个大字，大字两侧还镌有小字，上书“观音慈悲现身说法是为救苦救难，岂肯要人舍身燃指……为此立碑示谕，尚有愚媪村氓敢于潮音洞舍身燃指者，住持僧即禁阻，如有故犯，定行辑究”。从此，舍身燃指蠢事得到了阻止。由于石碑一度被毁，有些字已经脱落，有人误认领头人署名是“总镇都督李分”和“宁绍参将陈九思”；其实应该是“总镇都督李（应诏），分（守）宁绍参将陈九思。”
朝廷的批文使巡抚刘元霖成了最为矛盾的人。嘉靖帝规定“（浙直总兵）其体统视巡抚”。（《明世宗实录》）总兵和巡抚名义上职权相同，都为一省三司之上的最高官员。但由于明代以文制武的传统，巡抚一般有都御史的头衔，实际上可以节制带都督头衔的总兵。最终，他以皇帝旨意为由，决定执行兵部的批文。