该片是《阿凡达》系列的第二部，讲述了杰克·萨利和他的娜美族家庭在潘多拉星球上面对新的威胁和挑战的故事。

杰克·萨利（萨姆·沃辛顿 饰）：前人类海军陆战队员，后成为娜美族化身，并与奈蒂丽结婚，成为奥马提卡族的首领。他勇敢、智慧、善良，但也有着父亲的担忧和责任感。

基莉（西格妮·韦弗 饰）：格雷斯·奥古斯汀博士在昏迷中创造出来的娜美族化身，被杰克·萨利收养为女儿。她聪明、好奇、活泼，但也有着对自己身份的困惑和寻求认同。

蜘蛛（杰克·尚皮永 饰）：迈尔斯·夸里奇上校的人类儿子，在潘多拉出生后无法返回地球，被杰克·萨利收养为儿子。他内向、敏感、勇敢，但也有着对自己父亲的恐惧和仇恨。

电影以杰克·萨利的旁白开始，他介绍了他在潘多拉星球上过着平静和幸福的生活，作为奥马提卡族的首领，他与妻子奈蒂丽育有三个孩子，还收养了两个孩子，一个是格雷斯·奥古斯汀的娜美族化身基莉，一个是迈尔斯·夸里奇的人类儿子蜘蛛。他说他们与自然和谐相处，与其他族群友好交流，直到有一天，他们发现了夜空中的一颗陌生星星。

夸里奇发现自己被复制成一个娜美族化身，并记得他的使命是杀死杰克·萨利。他率领RDA的部队在潘多拉上建立新的基地，并开始破坏潘多拉的生态平衡。

杰克·萨利带领一支游击队对RDA的补给线进行袭击，试图削弱他们的力量。在一次行动中，他的儿子罗阿克受伤，杰克·萨利救了他，并教育他不要冒险。

杰克·萨利的孩子们和蜘蛛在雨林中探险，不料遇到了夸里奇和他的队伍。夸里奇发现了自己人类身体的遗骸，并认出了蜘蛛是他的儿子。杰克·萨利赶到现场，与夸里奇交火，成功救出了大部分孩子，但蜘蛛被夸里奇带走了。

RDA试图从蜘蛛那里得到关于杰克·萨利的信息，但蜘蛛拒绝合作。夸里奇对蜘蛛感到好奇和疑惑，试图与他建立联系，但蜘蛛对他充满恐惧和仇恨。

杰克·萨利和奈蒂丽决定去救回蜘蛛，他们找到了一个水下的娜美族部落——梅塔卡亚族，向他们求助。梅塔卡亚族的首领托诺瓦里同意帮助他们，但要求他们先通过一个水下的仪式来证明自己的勇气和信仰。

杰克·萨利和奈蒂丽成功通过了仪式，并得到了梅塔卡亚族的支持。他们还遇到了罗娜尔，一个前RDA科学家，现在成为了一个娜美族化身，并与托诺瓦里结婚。罗娜尔告诉他们RDA计划用一种强力的炸药来摧毁潘多拉的灵魂之树——艾雅。

高潮部分：杰克·萨利和奈蒂丽带领娜美族部落与RDA的决战，试图阻止他们炸毁艾雅。在战斗中，杰克·萨利和夸里奇展开了最后的决斗，杰克·萨利最终杀死了夸里奇，并救出了蜘蛛。

然而，RDA的炸药已经被引爆，艾雅被严重损坏，潘多拉的生命力受到威胁。杰克·萨利和奈蒂丽带着他们的孩子和其他幸存者逃到了水下的梅塔卡亚族的领地，寻求庇护。