与近期人气作品，《东京复仇者》的主角花垣武道不会法术、魔法，只是个平凡的普通人甚至是名不太上进、浑浑噩噩过生活的消极打工族，即使回到过去也不会练功升等变强，一样软弱无能。但透过一次又一次的失败与失去，渐渐坚定起想改变未来的信念，并一次又一次地回到过达成任务，即使不断难堪地遭遇挫折，还是努力挑战，让剧中角色都逐渐认同花垣武道，也让许多读者想要继续了解故事发展。
《东京复仇者》虽然有着不良、暴力、飙车、社会黑暗面等晦暗元素，但并非在宣扬暴力，伙伴之间的羁绊、牺牲、信赖与背叛都多方面呈现，时而热血、时而残酷的故事发展亦值得人深思，峰回路转的剧情也牵动了不分性别的读者与观众们的心，一下哭一下笑、一下生气一下心动。另外，漫画封面的设计也十分精致，作者常会为角色们安排新潮的时尚装扮，也是一大看点。
橘日向是花垣武道在中学时代的女友，有正义感又非常敢言，在原本的世界线中，26岁时会因东京卍会而死亡。橘直人是日向的弟弟，在原本的世界线中，会在25岁和日向一起因为东京卍会而死亡，在第二次的世界线中，逃过死劫后成为了刑警。
东京卍会又称作「东卍」，是由佐野万次郎、龙宫寺坚、三谷隆、林田春树、场地圭介和羽宫一虎6人一同创立，但羽宫一虎因为儿时一起「事件」而退出东卍。佐野万次郎为东卍的总长，昵称「Mikey」（麦基），拥有极高的格斗天份，又被称为「无敌的Mikey」。龙宫寺坚为东卍的副总长，昵称「Draken」（龙坚），非常有正义感又重义气，2岁时被从事色情行业的母亲遗弃在涩谷的风俗店中，由店内的小姐们养大，小学五年级时和Mikey成为好友。
稀咲铁太原本为敌对帮派「爱美爱主」的干部，后来成为东卍的参番队队长，是个性格阴险、手段卑鄙恶劣的恐怖角色，在数个不同的世界线中都不断策划着谋杀日向和武道。半间修二为「爱美爱主」的总长代理，后来又成为敌对帮派「芭流霸罗」初代副总长，为稀咲的搭挡，左右手刺有「罪」、「罚」的刺青，打架的实力非常强，不输龙宫寺坚。
故事一开始背景为2017年，主角花垣武道无意间看到中学前女友日向以及其弟弟直人因为被卷入「东京卍会」斗争而死亡的新闻，后来在搭乘电车时被人推入铁轨，当他以为即将被电车撞死的瞬间，穿越了时空回到2005年。2005年的花垣武道是名中学二年级的不良少年，他遇见了日向的弟弟直人后，告诉直人未来他与日向皆会死于东京卍会的斗争中，但当他们俩握手后，武道又穿越回到现代，掉下轨道的千钧一发之际，原本应该死亡的直人救起了武道，并在第二次的世界线中成为一名刑警，虽然直人逃过了死劫，姊姊日向还是不幸死亡。
为了拯救日向，直人提议武道回到过去，以阻止东京卍会的主要领导「佐野万次郎」与「稀咲铁太」两人相遇，当武道与直人再度握手时，武道又回到了2005年，这时他也确信了，只要和直人握手，即可回到12年前的同一天。这次武道认识了东京卍会的佐野万次郎与龙宫寺坚，他发现两人皆不是坏人，很难和现在无恶不作的东京卍会联想在一起。再次回到现代的武道得知了，龙宫寺坚会死于2005年8月3日的斗争中，为了阻止龙宫寺坚的死，他再度回到过去。
想趁机生事的爱美爱主总长代理半间修二率领爱美爱主和东卍叛徒，打算于8月3日袭击龙宫寺坚，但在武道的努力阻止下，龙宫寺坚逃过一死。当武道再次回到现代时，这次的世界线中龙宫寺坚却因为稀咲的缘故变成死刑囚，日向虽然仍活着，但在两人重逢时，日向却被千堂敦开车撞死，千堂敦也因为爆炸而死亡，临死之际千堂敦告诉武道，这一切都是稀咲的阴谋，要武道拯救大家。
为了拯救日向与大家，武道再次回到过去，此时敌对帮派「芭流霸罗」对东卍下战帖，为了增添势力，万次郎任命稀咲代替林田春树的位置成为东卍的参番队长，壹番队队长场地圭介则叛变至芭流霸罗，与羽宫一虎站上同一阵线。两年前，佐野万次郎、场地圭介与羽宫一虎同为东卍创始者，感情极好，当时一虎为了要帮万次郎庆祝生日，企图偷一部机车给他当生日礼物，并邀场地一起帮忙，途中被发现，一虎失手杀了店主，场地这才发现店主竟是万次郎的哥哥佐野真一郎，后来一虎进了保护院，却因过于自责，而将错误都怪罪到佐野万次郎身上，过去伙伴也因此走上不同道路。但是副队长千冬却告诉武道，他坚信场地是为了找出稀咲为幕后黑手的证据，才会假装成为叛徒潜入芭流霸罗。
武道已经提前知道，过去曾为东卍的旧成员羽宫一虎将在斗争中刺死场地，而万次郎会因此打死一虎，这会让稀咲能够更掌权东卍，于是极力阻止一虎杀死场地。2005年10月31日这天，双方发生激烈冲突，如千冬所想的，场地的确是以稀咲为目标，才假意叛变。武道虽努力阻止了一虎被万次郎打死，但最后还是无法挽救场地的性命，未死的一虎，因为刺了场地一刀向警方自首。血腥万圣节之后，武道成为了壹番队队长，当他再度回到现代时，已成为了东卍的高级干部。一场东卍的聚餐中，稀咲、武道、千冬三人一起喝酒时，稀咲在两人的酒内下了药，枪杀了千冬，下一步，将枪头对准了武道。动画第一季也在此告一段落。